학과의 운영에 관한 기본적인 사항은 대학원 학칙에 따르나, 석,박사과정의 원활한 운영을 위하여 다음과 같은 내규를 정한다. 본 내규에 규정되어 있지 않은 사항은 본 내규의 정신에 준하여 교수 전원의 토의와 합의에 의해 정한다.

제1조 (입학지원자격) 
공학, 이학 및 의학 분야의 학부과정을 이수한 자로 한다. 또한, 의공학 분야의 대학원 교육을 받을 수 있는 능력을 가진 것으로 동서의료공학과 전임교수회의에서 인정한 자는 학부과정의 전공과 무관하게 지원할 수 있다. 이 경우, 지도교수는 학생에게 하위과정의 교과목을 추가로 수강하도록 할 수 있다.

제2조 (입학전형방법) 
대학원 학칙에 따른다. 단, 필요한 경우에는 필기시험과 면접시험을 시행한다.

제3조 (지도교수) 
지도교수의 배정은 동서의료공학과 전임교수회의의 의결에 따라 결정한다

제4조 (이수과목) 
논문지도학점을 제외한 교과학점의 경우 석사과정은 24학점 중 9학점 이상을 그리고 박사과정은 36학점 중 15학점 이상을 본 학과의 선택과목으로 이수하여야 한다. 타 전공의 석, 박사과정에서 이수한 과목의 인정은 교수회의에서 정한다.

제5조 (논문제출자격전공시험)
석사과정과 박사과정 모두 선택과목 중 4과목을 학생이 선택하여 논문제출자격시험을 본다.

제6조 (졸업자격) 
학위논문 심사를 통과하더라도 다음의 추가적인 요건을 충족하여야 학위를 받을 수 있다.
- 석사과정: 국내외 학술대회에서 1회 이상 논문발표 또는 심사가 있는 국내외 학술지에 1회 이상 연구논문 발표 
- 박사과정: 심사가 있는 국내외 학술지에 2회 이상 연구논문 발표
- 외국인 학생 : 대학원에서 외국인을 위해 제공하는 한국 문화 또는 언어에 대한 과목을 이수해야함.

제8조 (장학금) 
장학생은 다음과 같은 원칙에 의해 선발한다.
과에 배정된 인원을 전공을 안배하여, 각 전공 지도교수의 추천을 받아 주임교수가 확정한다.

제9조 (교육과정)
제1항 (학과운영위원회) 학과운영위원회는 대학원 주임교수와 그 외의 교수2 인의 총 3 인으로 한다. 2인은 교수회의에서 추천한다.
제2항 (교과과정 검토) 학과운영위원회는 학과의 제반사항에 대해서 심의하고, 특히 급변하는 교육환경과 국가인력수요를 고려하여 최소 4년에 1회이상 교과과정을 검토하여 그 결과를 대학원장에게 보고한다 


부칙
1)    이 규정은 2007년 4월 개정하여 2008학년도 신입생부터 적용한다.
2) 이 규정은 2007년 신입생에게도 적용한다.